ČESKÁ UROLOGIE / CZECH UROLOGY – 1 / 2021

19 PŘEHLEDOVÝ ČLÁNEK Ces Urol 2021; 25(1): 17–26 Nejprve budou popsány metody studia MM, jejich výstupy a způsob hodnocení a na závěr shrneme poznatky o spojitosti MM s maligními, benigními i funkčními onemocněními urogenitálního traktu. METODY Základem tohoto narativního přehledového člán‑ ku byla rešerše v databázi PubMed uskutečněná 25. 2. 2019 na počátku našeho vlastního výzkumné‑ ho projektu s použitím vyhledávacích výrazů „uri‑ nary microbiome“ a „urinary microbiota“, bez časo‑ vého omezení a s filtrováním výsledků na humánní studie. Po výběru relevantních publikací podle jejich názvů a abstrakt a pročtení celých prací jsme další zdroje vyhledali (a dle relevance zařadili do tohoto přehledu) v odkazech na literaturu u jednotlivých prací. Dále jsou zahrnuta odborná sdělení k tématu publikovaná v průběhu uplynulých dvou let. VÝSLEDKY A DISKUZE Metody výzkumu MM Detailní zkoumání MM v poslední dekádě bylo umožněno významným zdokonalením a rozší‑ řením platforem pro sekvenaci DNA, tzv. masiv‑ ního paralelního sekvenování (next‑generation sequencing, NGS) a dále zavedením metodiky rozšířené močové kultivace (expanded quantita‑ tive urine culture, EQUC). Technika standardní močové kultivace za‑ ložená na inokulaci 1 μl moči sterilní kličkou na krevní a McConkeyho agar vede k preferenč‑ nímu růstu G-bakterií. To je výhodné z hledis‑ ka detekce nejčastějších klinicky důležitých uropatogenů, avšak odvrácenou stranu mince představuje nízká senzitivita metody vůči G+ mikroorganismům, nemluvě o fastidiózních (ob‑ tížně kultivovatelných) mikrobech (7). Myšlenka EQUC (8) spočívá v inokulaci násobně většího množství materiálu na více různých půd a jejich inkubaci za různých růstových podmínek po delší dobu (tabulka 1). Výsledkem je výrazně vyšší záchyt mikroorganismů včetně méně ty‑ pických (např. Alloscardovia spp., Moraxella spp., Veillonella spp. , aj. [vlastní data autorů]), a to i ze vzorků moči s negativním výsledkem standardní kultivace. Existuje i zjednodušený protokol EQUC pro běžné laboratorní užití, který zachovává vy‑ sokou (84%) senzitivitu metody, ale vynecháním méně výtěžných kombinací půda – kultivační podmínky ji zjednodušuje a zlevňuje (9). Limitací Tab. 1. Srovnání standardní kultivace s protokolem EQUC (8) a modifikovaným protokolem EQUC (9). Poslední řádek uvádí záchyt mikroorganismů v procentech relativně k EQUC. EQUC – rozšířená kvantitativní kultivacemoči Tab. 1. Standard urine culture compared to EQUC (8) and modified EQUC (9). Last row shows detection rate compared to EQUC. EQUC – extended quantitative urine culture standardní kultivace 24 h EQUC 48 h zjednodušený protokol EQUC 48 h médium podmínky médium podmínky médium podmínky krevní agar McConkeyův agar aerobní 35 °C krevní agar McConkeyův agar aerobní 35 °C krevní agar McConkeyův agar CNA agar 5% CO 2 35 °C krevní agar čokoládový agar CNA agar 5% CO 2 35 °C CDC anaerobní krevní agar anaerobní 35 °C CDC anaerobní krevní agar směs 5% O 2 , 10% CO 2 a 85% N 35 °C 33 % 100 % 84 %