244 Ces Urol 2022; 26(4): 242–249 ORIGINÁLNÍ PRÁCE s různou závažností symptomů dolních močových cest (DMC) při benigní hyperplazii prostaty (5) nebo u pacientů s karcinomem močového měchýře a zdravými kontrolami (6). Zatímco bakteriom močového traktu postup‑ ně odkrýváme, virom močových cest je takřka neznámý. Většina informací o močovém viromu je známa díky studiím na pacientech po transplantaci ledviny, u kterých BK polyomavirus (BKV) způsobuje nefropatii štěpu asociovanou s polyomavirovou infekcí (7). Většina virů obsažených v moči jsou bakteriofágy – viry infikující bakterie (8), avšak po‑ dařilo se detekovat i viry napadající eukaryotní buňky. Z klinického hlediska byla přítomnost po‑ lyomavirů spojena s rejekcí štěpu po transplantaci ledviny (9), v ojedinělých studiích také s interstici‑ ální cystitidou (8) nebo hyperaktivním močovým měchýřem (10). Cílemprezentované pilotní studie bylo zjistit, zda jsoumikrobiální společenství – bakteriom a virom– detekovatelná nejen v dolních, ale i v horníchmočo‑ vých cestách (HMC) a pokud ano, tak zda se mikro‑ biomy horních a dolních močových cest liší. SOUBOR PACIENTŮ A METODA Prezentovaný soubor tvoří část pacientů zařaze‑ ných do naší studie močového mikrobiomu, jejíž výsledky byly publikovány dříve (11–13). Pacienti podstupovali endoskopický operační zákrok na močových cestách, jehož standardní součástí byla katetrizace HMC. Studie byla schválena nemocniční etickou komisí a všichni pacienti podepsali před odběrem moči informovaný souhlas. Předoperační kultivace moči byla (s jednou výjimkou pacienta č. 6) negativní. Antibiotická pro‑ fylaxe byla (opět s jednou výjimkou pacienta č. 2) podávána až po odběru obou vzorků moči. Žádný ze subjektů studie neměl v močových cestách zavedeno cizí těleso, např. stent nebo močovou cévku. Vzorek moči z močového měchýře, resp. dol‑ ních močových cest (DMC) byl odebrán po zarouš‑ kování, dezinfekci genitálu a zavedení cystoskopu s použitím lubrikačního gelu bez mikrobicidní příměsi. Poté byl měchýř naplněn fyziologickým roztokem a do předpokládané oblasti renální pán‑ vičky zavedena 7 F ureterální cévka; později jsme používali 70 cmmono‑J stenty. Moč byla odebrána samospádem odkapáním do připravené sterilní zkumavky v množství 5–50 ml. Z provozních dů‑ vodů netrval žádný odběr déle než 10 minut. Oba vzorky byly uloženy při 4 °C a týž den zmrazeny a poté uchovány při -20 °C až do extrakce DNA. K izolaci DNA byl použit Eligene Urine Isolation Kit (Elisabeth Pharmacon, Brno, ČR) dle instrukcí výrobce. Hypervariabilní region V4 genu pro bak‑ teriální 16S rRNA byl amplifikován polymerázovou řetězovou reakcí s primery 515 F a 806R v krocích popsaných dříve (11). Po vytvoření sekvenačních knihoven pomocí nástroje TruSeq DNA PCR‑Free LP Kit byla DNA sekvenována na platformě Illumina MiSeq 2×250 bazí (Illumina Inc., San Diego, USA). Sekvenční data byla analyzována postupem popsaným dříve (12). Po vypuštění dat s nízkou kvalitou byly sekvence seskupeny do operačních taxonomických jednotek (OTU) na úrovni 97% po‑ dobnosti, což odpovídá bakteriálnímu druhu. Ana‑ lýza alfa a beta diverzity byla provedena v prostředí R 4. 2. 0 (14) pomocí balíčku vegan 2.6-2 (15). Byl spočítán počet OTU reprezentujících 95 % celko‑ vé bakteriální komunity v každém vzorku, iChao1 (16), ACE (abundance‑based coverage estimator) (17), Shannonův a Simpsonův index. Průměrná hodnota rozdílnosti pro jednotlivé skupiny byla spočítána na základě Bray-Curtis distanční matice. Statistické rozdíly byly považovány za signifikantní na úrovni p < 0,05. Integrita izolované DNA a přítomnost inhibitorů byla ověřena amplifikací kontrolního genu pro lid‑ ský beta globin (18). Poté byla provedena detekce BKV, JC polyomaviru (JCV), torque‑teno viru (TTV), viru Epsteina‑Barrové (EBV), lidského cytomega‑ loviru (HCMV) a adenovirů pomocí kvantitativní PCR (qPCR), HPV byly identifikovány pomocí PCR s následnou reverzní hybridizací na membráně. Pro jednotlivé qPCR byly použity již publikované pri‑ mery a hydrolyzační próby značené fluorescenční barvou FAM na 5’ konci a zhášečem BHQ-1 na 3’ konci. Seznam všech primerů a prób je k dispozi‑ ci u korespondujícího autora na vyžádání. Reakce
RkJQdWJsaXNoZXIy NDA4Mjc=