Ces Urol 2021, 25(1):17-26 | DOI: 10.48095/cccu2021008

Úvod do problematiky lidského močového mikrobiomu

Jan Hrbáček1, Vítězslav Hanáček1, Pavel Čermák2, Daniel Morais3, Roman Zachoval1
1 Urologická klinika 3. LF UK a Thomayerovy nemocnice, Praha
2 Oddělení klinické mikrobiologie, Thomayerova nemocnice, Praha
3 Mikrobiologický ústav Akademie věd České republiky, Praha

Hrbáček J, Hanáček V, Čermák P, Morais D, Zachoval R. Úvod do problematiky lidského močového mikrobiomu. Hrbáček J, Hanáček V, Čermák P, Morais D, Zachoval R. An introduction to the study of human urinary microbiome.

Klíčová slova: Lidský mikrobiom, rozšířená kvantitativní močová kultivace, sekvenování příští generace, urogenitální systém.

Vloženo: 12. leden 2021; Revidováno: 11. únor 2021; Přijato: 11. únor 2021; Zveřejněno online: 11. únor 2021; Zveřejněno: 30. březen 2021 

Zobrazit celý článek

Reference

  1. Thomas‑White K, Brady M, Wolfe AJ, Mueller ER. The Bladder Is Not Sterile: History and Current Discoveries on the Urinary Microbiome. Curr Bladder Dysfunct Rep 2016; 11(1): 18-24. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  2. Khasriya R, Sathiananthamoorthy S, Ismail S, et al. Spectrum of Bacterial Colonization Associated with Urothelial Cells from Patients with Chronic Lower Urinary Tract Symptoms. J Clin Microbiol. 2013; 51(7): 2054-2062. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  3. Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011; (11): 1-12. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  4. The Human Microbiome Project Consortium: Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature [Internet] 2012; 486: 207-214. Dostupné z: http://dx.doi.org/10.1038/nature11234, 13. 11. 2020. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  5. Zwinsová B, Brychtová V, Hrivňáková M, et al. Vliv mikrobiomu na vznik a vývoj kolorektálního karcinomu. Klin Onkol 2019; 32(4): 261-269. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  6. Wolfe AJ, Brubaker L. "Sterile Urine" and the Presence of Bacteria. Eur Urol. 2015; 68(2): 173-174. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  7. Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. The microbiome of the urinary tract - a role beyond infection. Nat Rev Urol [Internet] 2015; 12(2): 81-90. Dostupné z: http://dx.doi.org/10.1038/nrurol.2014.361, 3. 5. 2019. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  8. Hilt EE, McKinley K, Pearce MM, et al. Urine Is Not Sterile: Use of Enhanced Urine Culture Techniques To Detect Resident Bacterial Flora in the Adult Female Bladder. J Clin Microbiol 2014; 52(3): 871-876. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  9. Price TK, Dune T, Hilt EE, et al. The Clinical Urine Culture: Enhanced Techniques Improve Detection of Clinically Relevant Microorganisms. J Clin Microbiol. 2016; 54(5): 1216-1222. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  10. Alberts B, Bray D, Johnson A. DNA Technology. In: Essential Cell Biology 1998; 13-46.
  11. Pollock J, Glendinning L, Wisedchanwet T, Watson M. The madness of microbiome: Attempting to find consensus "Best Practice" for 16S microbiome studies. Appl Environ Microbiol. 2018; 84(7): e02627-17. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  12. Illumina.com [Internet]. Dostupné z: https://www.illumina.com/systems/sequencing‑platforms/miseq.html, 21. 11. 2020.
  13. Fukuda K, Ogawa M, Taniguchi H, Saito M. Molecular Approaches to Studying Microbial Communities: Targeting the 16S Ribosomal RNA Gene. J UOEH 2016; 38(3): 223-232. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  14. Mueller ER, Wolfe AJ, Brubaker L. Female urinary microbiota. Curr Opin Urol. 2017; 27(3): 282-286. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  15. Vetrovsky T, Baldrian P, Morais D. SEED 2: a user‑friendly platform for amplicon high‑throughput sequencing data analyses. Bioinformatics 2018; 34(13): 2292-2294. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  16. Wu P, Zhang G, Zhao J, et al. Profiling the Urinary Microbiota in Male Patients With Bladder Cancer in China. Front Cell Infect Microbiol 2018; 8: 167. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  17. Pederzoli F, Ferrarese R, Amato V, et al. Sex‑specific Alterations in the Urinary and Tissue Microbiome in Therapy‑naïve Urothelial Bladder Cancer Patients. Eur Urol Oncol 2020; 3(6): 784-788. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  18. Morand A, Cornu F, Dufour JC. Human Bacterial Repertoire of the Urinary Tract: a Potential Paradigm Shift. J Clin Microbiol 2019; 57(3): e00675-18. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  19. Thomas‑White KJ, Hilt EE, Fok C. Incontinence Medication Response Relates to the Female Urinary Microbiota. Int Urogynecol J. 2016; 27(5): 723-733. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  20. Groah SL, Pérez‑Losada M, Caldovic L, et al. Redefining Healthy Urine: A Cross‑Sectional Exploratory Metagenomic Study of People With and Without Bladder Dysfunction. J Urol 2016; 196(2): 579-587. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  21. Thomas‑White K, Forster SC, Kumar N, et al. Culturing of female bladder bacteria reveals an interconnected urogenital microbiota. Nat Commun [Internet] 2018; (9): 1557. Dostupné z: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-03968-5, 13. 11. 2020. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  22. Shrestha E, White JR, Yu S, et al. Profiling the Urinary Microbiome in Men with Positive versus Negative Biopsies for Prostate Cancer. J Urol 2018; 199: 161-171. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  23. Lewis DA, Brown R, Williams J, et al. The human urinary microbiome; bacterial DNA in voided urine of asymptomatic adults. Front Cell Infect Microbiol [Internet] 2013; 3: 1-14. Dostupné z: http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fcimb.2013.00041/abstract, 3. 5. 2019. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  24. Kramer H, Kuffel G, Thomas‑White K, et al. Diversity of the midstream urine microbiome in adults with chronic kidney disease. Int Urol Nephrol 2018; 50(6): 1123-1130. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  25. Wolfe AJ, Toh E, Shibata N, et al. Evidence of Uncultivated Bacteria in the Adult Female Bladder. J Clin Microbiol. 2012; 1376-1383. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  26. Bajic P, Kuiken ME van, Burge BK, et al. Male Bladder Microbiome Relates to Lower Urinary Tract Symptoms. Eur Urol Focus 2020; 15(6): 376-382. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  27. Popović VB, Šitum M, Chow CT, Chan LS. The urinary microbiome associated with bladder cancer. Sci Rep. 2018; 8: 12157. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  28. Shoskes DA, Altemus J, Polackwich AS, Tucky B, Wang H. The Urinary Microbiome Differs Significantly Between Patients With Chronic Prostatitis/Chronic Pelvic Pain Syndrome and Controls as Well as Between Patients With Different Clinical Phenotypes. Urology 2016; 92: 26-32. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  29. Siddiqui H, Lagesen K, Nederbragt AJ, Jeansson SL, Jakobsen KS. Alterations of microbiota in urine from women with interstitial cystitis. BMC Microbiol [Internet] 2012; 12: 205. Dostupné z: http://www.biomedcentral.com/1471-2180/12/205, 3. 5. 2019. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  30. Nickel JC, Stephens A, Landis JR, et al. Assessment of the Lower Urinary Tract Microbiota during Symptom Flare in Women with Urologic Chronic Pelvic Pain Syndrome: A MAPP Network Study. J Urol. 2016; 195(2): 356-362. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  31. Thomas‑White KJ, Kliethermes S, Rickey L. Evaluation of the Urinary Microbiota of Women With Uncomplicated Stress Urinary Incontinence. Am J Obs Gynecol. 2017; 216(1). Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  32. Fouts D, Pieper R, Szpakowski S. Integrated next‑generation sequencing of 16S rDNA and metaproteomics differentiate the healthy urine microbiome from asymptomatic bacteriuria in neuropathic bladder associated with spinal cord injury. J Transl Med. 2012; 10(174): 55.e1-55.e16. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  33. Wu JF, Muthusamy A, Al‑Ghalith GA, Dan K. Urinary microbiome associated with chronic allograft dysfunction in kidney transplant recipients. Clin Transplant 2018; (32): e13436. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  34. Cai T, Mazzoli S, Lanzafame P, et al. Asymptomatic Bacteriuria in Clinical Urological Practice: Preoperative Control of Bacteriuria and Management of Recurrent UTI. Pathogens [Internet] 2016; 5(1): 4. Dostupné z: http://www.mdpi.com/2076-0817/5/1/4, 20. 11. 2018 Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  35. Rani A, Ranjan R, McGee HS, et al. A diverse virome in kidney transplant patients contains multiple viral subtypes with distinct polymorphisms. Sci Rep 2016; (6): 33327. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  36. Garretto A, Thomas‑White K, Wolfe AJ, Putonti C. Detecting viral genomes in the female urinary microbiome. J Gen Virol. 2018; 99: 1141-1146. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  37. Ackerman AL, Underhill DM. The mycobiome of the human urinary tract: Potential roles for fungi in urology. Ann Transl Med 2017; 5(2): 1-12. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
  38. Kim BR, Shin J, Guevarra RB, et al. Deciphering diversity indices for a better understanding of microbial communities. J Microbiol Biotechnol 2017; 27(12): 2089-2093. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...

Zpět na obsah



Web časopisu Česká urologie je určen pouze pro lékaře a odborníky
z oblasti medicíny nebo farmacie.



Beru na vědomí, že informace zveřejněné na těchto stránkách
nejsou určeny pro laickou veřejnost.


Odejít Vstoupit